Dúvida existencial

Agora que finalmente (embora só em part-time) comecei a dedicar-me à tese, há uma questão que me assombra. Aplicar ou não aplicar o novo acordo ortográfico? O corrector automático do Word diz que sim, mas a minha cabeça diz que não.
Continuou a escrever como sempre escrevi, não consigo escrever de outra forma, mas irrita-me as palavras sublinhadas a vermelho como se estivessem erradas.